As vezes temos a necessidade de corrigir as permissões de todos os diretórios de um domínio no servidor. A forma mais rápida e prática para essa situação é utilizando o seguinte comando:
find . -type d -exec chmod 755 "{}" \;
O comando acima irá buscar todos os diretórios, a partir do diretório corrente, e mudar a permissão para 755 (chmod).
Muito cuidado para não rodar esse comando em um diretório errado ou na raiz do seu servidor!